Besonders interessant ist die Biogaserzeugung für tierhaltende Betriebe, die neben pflanzlichen Substraten auch über Wirtschaftsdünger verfügen. Fast alle Biogaserzeuger im Ökolandbau (90 Prozent) nutzen Wirtschaftsdünger zumindest als Kosubstrat. Besonders kleinere und mittlere Biogasanlagen werden im Ökolandbau hauptsächlich mit Wirtschaftsdüngern betrieben. Als Hauptsubstrat dienen Gülle und Festmist in 45 Prozent der im Bio-Biogasmonitoring betrachteten Anlagen.

Energiepflanzen werden von der überwiegenden Mehrheit der Biogaserzeuger im Ökolandbau ebenfalls eingesetzt. Die pflanzlichen Substrate zur Biogasgewinnung sind sehr vielfältig. Vergoren werden neben Gras- und Kleegrassilage Getreide-Ganzpflanzensilage und vor allem Mais, der nur zum Teil aus dem eigenen Betrieb stammt. Der durchschnittliche Substratmix einer Biogasanlage im Ökolandbau wird in folgender Abbildung dargestellt:

Der Großteil der eingesetzten Maissilage wird aus nicht-ökologischer Produktion zugekauft. Die konventionelle Kovergärung muss zwar kritisch betrachtet werden, wird jedoch von etwa jedem zweiten Anlagenbetreiber in unterschiedlichem Maße betrieben. Die konventionellen Substrate machen bei den meisten der betreffenden Biogasanlagen im Ökolandbau weniger als die Hälfte der Ration aus. Dennoch gibt es Einzelfälle mit einem konventionellen Maisanteil über 50 Prozent am Substratmix. Der Einsatz nicht-ökologischer Ausgangsstoffe wird vor allem mit der Auslastung der (zu großen) Anlagen und den hohen Kosten für Energiepflanzen im Ökolandbau begründet.

Nährstoffkreisläufe schließen durch das Gärrestmanagement

In vielen Betrieben sind die Fütterungsstrategien nicht auf Mais als Methanlieferant ausgerichtet. Wenn die verfügbaren Wirtschaftsdünger nicht zur Auslastung der Biogasanlage reichen, übernehmen häufig Gras- und Kleegrassilagen die Rolle einer "ökologischen Energiepflanze". Das Kleegras als essentielles Fruchtfolgeglied im Ökolandbau kann durch die Vergärung auch auf vieharmen und viehlosen Betrieben einer wirtschaftlich und ökologisch sinnvollen Verwertung zugeführt werden.

So können Nährstoffe in Form von Gärresten aus der Biogasanlage im Betrieb gehalten und der Pflanzenproduktion zugeführt werden. Dabei werden in der Praxis nicht nur Ertragssteigerungen, sondern auch verbesserte Qualitäten durch die Gärrestdüngung angedeutet. Eine flexible und bedarfsorientierte Gärrestdüngung setzt allerdings ausreichende Lagerkapazitäten voraus. Es hat sich in der Praxis gezeigt, dass diese nicht immer vorhanden sind.

Die Biogaserzeugung im ökologischen Betrieb kann Synergien erzeugen, zum Beispiel hinsichtlich der Fruchtfolgegestaltung, innerbetrieblicher Nährstoffversorgung und Verringerung des Beikrautdrucks durch die Hygienisierung der tierischen Dünger. So kann eine Bioenergieerzeugung mit positivem Image geschaffen werden - ohne eine Konzentration auf den umstrittenen Mais und ohne Konkurrenz zur Lebensmittelerzeugung.