Der biologische Anbau von Gehölzen ist eine relativ junge Sparte des ökologischen Landbaus. Dass es biologisch kultivierte Gehölz-Pflanzen gibt, ist daher noch nicht so vielen Menschen bekannt. Bis Anfang der neunziger Jahre kultivierten nur fünf Baumschulen ihre Pflanzen nach biologischen Richtlinien. Zu diesen Pionieren gesellten sich in den folgenden Jahren etliche weitere Betriebe. Mittlerweile wirtschaften im Bundesgebiet rund 40 Baumschulen nach den Richtlinien des ökologischen Landbaus. Sie wurden meist neu gegründet, Umstellungen von konventionellen Baumschulen waren selten.

Die meisten Betriebe sind Mitglieder des ökologischen Anbauverbandes Bioland. Andere Unternehmen arbeiten als Demeter-, Naturland- und Gäa-Baumschulen oder sind Betriebe, die ohne Verbandszugehörigkeit allein nach den EU-Rechtsvorschriften für den Ökologischen Landbau produzieren. Einige Betriebe haben sich in der ArbeitsGemeinschaft ökologische Baumschulen (AGÖB) organisiert, die die wirtschaftlichen und ideellen Interessen dieses Sektors vertritt.

Alle Betriebe werden jährlich von unabhängigen Kontrollstellen geprüft. Die Kontrolleure besichtigen alle Felder, Kulturen und Betriebsgebäude. Sie überprüfen auch die vorgeschriebenen Aufzeichnungen zum Einkauf von Düngern oder Saat- und Pflanzgut. So können die Verbraucher sicher sein, dass sie echte Ökopflanzen erhalten.

Viele Betriebe sind Endverkaufsbaumschulen, die ein breites Sortiment kultivieren und anbieten. Obstbäume, vor allem bewährte alte Sorten, werden neben Zier- und Landschaftsgehölzen und Beerenobst erzeugt.  Auch Alleebäume, Nadelgehölze und Stauden werden biologisch kultiviert.

Einzelne Betriebe haben sich spezialisiert. So gibt es Forstbaumschulen, in denen Laub- und Nadelbäume für den Wald gezogen werden, andere produzieren vor allem Jungpflanzen für den Bio-Erwerbsobstbau. Die Jungpflanzenanzucht befindet sich im Aufbau. Aussaaten von Landschaftsgehölzen und Obstunterlagen sind in ausreichender Stückzahl vorhanden, vegetativ gezogene Steckhölzer ebenso. Ökologische Stecklinge und Typenunterlagen für Obstbäume sind noch genauso Mangelware wie Edelreiser zur Obstveredelung oder Ziergehölzsämlinge. Insgesamt bewirtschaften die Baumschulen über 300 Hektar landwirtschaftliche Nutzfläche; die durchschnittliche Betriebsfläche beträgt rund 8,5 Hektar.

Die meisten Betriebsleiter von Bio-Baumschulen sind Ingenieure oder Meister. Ungefähr die Hälfte der Betriebe bildet aus. Da die meisten Bio-Baumschulen nicht besonders spezialisiert sind, ist die Ausbildung vielfältig und vermittelt Fähigkeiten, die von der Vermehrung und Aussaat über Veredelung bis zur Anzucht eines Alleebaumes reichen.

Ein Markt für biologische Bäume und Sträucher existiert erst in Ansätzen. Die Nachfrage nach Öko-Pflanzen ist relativ gering. Hauptsächlich vermarkten die Betriebe über direkte Absatzkanäle. Der Privatverkauf spielt die größte Rolle. Indirekte Vermarktung ist bis auf die Kundengruppe Garten- und Landschaftsbau selten. Erst in den letzten Jahren hat sich die Situation allmählich verändert. Zunehmend beabsichtigen auch Kommunen, Bio-Pflanzen zu erwerben. Auch in einzelnen Fachgartencentern werden biologische Pflanzen angeboten.