Die Hauptkulturen im geschützten Anbau (Tomaten, Gurken, Auberginen und Paprika) sind sehr nährstoffbedürftig. Die Düngestrategie sollte eine Mist- oder Kompostgabe enthalten, um den Boden mit Humus zu versorgen und den Phosphorbedarf des Bodens zu decken. Zu hohe und zu häufige Mistgaben können jedoch einen sehr hohen Phosphorgehalt verursachen, der sich negativ auf das Pflanzenwachstum auswirkt. Zudem führen hohe Mistgaben oft im Herbst und im Winter zu hohem Salz- und Stickstoffgehalt. Dadurch kann das Wachstum bzw. die Qualität der Winterkulturen beeinträchtigt werden. Stickstoff und Kali müssen mit Handelsdünger ergänzt werden.

Mist- oder Grüngutkompostgabe: etwa 0,5 Kubikmeter pro 100 Quadratmeter bzw. 200 bis 350 Kilogramm pro 100 Quadratmeter (entspricht dem Bedarf an Phosphor).

Stickstoffhaltige Handelsdünger: Zum Beispiel ein Drittel des Restbedarfes als raschverfügbarer Dünger  (zum Beispiel Maltaflor, Hornmehl) und zwei Drittel als langsam verfügbarer Dünger (zum Beispiel Hornspäne). Alternativ kann anstatt eines langsam wirkenden Düngers auch regelmäßig mit Flüssigdünger (zum Beispiel Vinasse) nachgedüngt oder schnellwirkender Dünger oberflächig unter die Mulchfolie ausgebracht werden.

Kalidüngung: Sowohl Tomaten als auch Gurken sind sehr anspruchsvoll bezüglich der Kaliversorgung. Wenn neben einer Mistgabe noch weiteres Kali benötigt wird, kann das in Form von Kalisulfat oder Patentkali vor der Pflanzung oder - wenn mit Düsen bewässert wird - in Teilgaben ausgebracht werden. Höhere Mengen sollten nicht in einer Gabe erfolgen. Zu beachten ist auch der Kaligehalt von anderen Düngern. So enthalten Vinassen, je nach Herkunft, gleich viel Kali wie Stickstoff.

Flüssigdüngung: Flüssigdünger, wie Vinasse, können mit der richtigen Ausrüstung gut über Tropfbewässerung ausgebracht werden. Zu beachten ist, dass nach jeder Düngergabe über die Bewässerung die Leitungen gut mit Wasser nachgespült werden sollten, damit keine Verstopfungen entstehen. Die Zuspeisung von Dünger sollte nur in der ersten Hälfte oder in den ersten zwei Dritteln der Bewässerungsgabe erfolgen.

Düngermengen: Die Höchstmengen an Nährstoffen, die zugeführt werden dürfen, sind in der Regel durch die jeweiligen Anbauverbände geregelt (zum Beispiel bei Bioland 330 Kilogramm Stickstoff pro Hektar im Unterglas-Anbau). Der Boden mineralisiert pro Monat etwa 0,2 Kilogramm Stickstoff pro 100 Quadratmeter (= 20 Kilogramm Stickstoff je Hektar). Für eine Tomatenkultur etwa mineralisiert der Boden also von April bis September 1,2 Kilogramm Stickstoff pro 100 Quadratmeter. Der Nährstoffbedarf ist abhängig von der Ernteerwartung - z.B. bei

Tomaten:

• Bei einem Ertrag von 1.000 kg / 100 m²: 1,7 kg Stickstoff
• Bei einem Ertrag von 1.500 kg / 100 m²: 2,5 kg Stickstoff

In einem wenig geheizten Gewächshaus kann für Tomaten, Gurken und Auberginen einen Zudüngungsbedarf von etwa zwei Kilogramm Stickstoff je 100 Quadratmeter (200 Kilogramm je Hektar) angenommen werden. Herbstkulturen müssen oft nicht gedüngt werden, da der Boden noch genügend aktiv und warm ist. Hier empfiehlt es sich, den Nährstoffbedarf durch eine Bodenanalyse zu bestimmen. Bei Feldsalat zum Beispiel sind die Restnährstoffe der Vorkultur in der Regel ausreichend. Nährstoffbedürftige Frühkulturen können mit einem schnell verfügbaren Handelsdünger versorgt werden.