Die Tierhaltung auf ökologischen Betrieben ist seit dem 24. August 1999 in den EU-Rechtsvorschriften für den ökologischen Landbau geregelt. Zu den Grundsätzen gehören die artgemäße Unterbringung und Fütterung sowie ein vorbeugender Gesundheitsschutz. Eine vollständige Dokumentation der Tierherkunft, Zu- und Abgänge, Futterzukäufe, Auslaufperioden und eine klare Tierkennzeichnung sind vorgeschrieben.

Prinzipiell ist nur der Zukauf von Tieren aus Ökobetrieben erlaubt. Sollten diese nicht verfügbar sein, können in bestimmten Fällen ausnahmsweise auch Tiere aus konventionellen Betrieben zugekauft werden. Der Zukauf weiblicher Tiere aus konventioneller Haltung muss durch die Kontrollstelle genehmigt werden. Zugekaufte konventionelle Tiere dürfen erst nach einer Umstellungszeit mit dem Hinweis auf ökologische Erzeugung vermarktet werde

Fütterung mit Ökofutter

Die Fütterung der Tiere mit ökologisch erzeugten Futtermitteln ist vorgeschrieben. Alle zulässigen konventionellen Futtermittel sind in Anhang V der EU-Rechtsvorschriften für den ökologischen Landbau aufgelistet. Antibiotika und sonstige Stoffe zur Wachstums- oder Leistungsförderung dürfen in der Tierernährung nicht verwendet werden. Mindestens 50 Prozent des Futters müssen aus eigener Erzeugung oder von einem ökologischen Kooperationsbetrieb stammen. 

Tiergesundheitsvorsorge 

Krankheitsvorbeugung hat in der ökologischen Tierhaltung Vorrang. Die Verwendung von chemisch-synthetischen Tierarzneimitteln zur Erhaltung der Tiergesundheit ist nur eingeschränkt möglich. Eingriffe an Tieren, zum Beispiel das Enthornen, die Kastration oder das Kupieren von Schwänzen müssen begründet sein und von der Kontrollstelle gestattet werden.

Mindeststallflächen und flächengebundener Tierbesatz

Für alle Tierarten sind Mindeststallflächen und -freiflächen vorgeschrieben. Auch ist allen Tierarten Weidegang oder Auslauf zu gewähren. Die Anbindehaltung ist grundsätzlich untersagt.

Der im Betrieb vorhandene Tierbesatz darf ein Dungäquivalent von 170 Kilogramm Stickstoff pro Hektar nicht überschreiten, wobei Kooperationen mit anderen Biobetrieben erlaubt sind.