Wenn Produkte im Betrieb aufbereitet, verpackt oder verarbeitet werden, ist darüber Buch zu führen. 

Das Reinigen von Getreide oder das Sortieren von Kartoffeln unterliegt den EU-Rechtsvorschriften für den ökologischen Landbau, auch wenn es für andere Betriebe im Lohnauftrag erfolgt. Der Betrieb muss daher den Wareneingang und -ausgang (Lieferant beziehungsweise Abnehmer, Produktbezeichnung, Menge) erfassen. Wird zusätzlich auch konventionelle Ware aufbereitet, so ist dafür Sorge zu tragen, dass die Partien zweifelsfrei identifiziert werden können und eine Vermischung mit konventioneller Ware ausgeschlossen ist.

Das Ver- oder Umpacken von Ökoprodukten ist schriftlich zu dokumentieren. Wird nur beim Verkauf abgewogen, entfällt die Kontrollpflicht.

Bei der Verarbeitung von Ökoprodukten müssen grundsätzlich ökologisch erzeugte Zutaten verwendet werden. Verarbeitete Erzeugnisse können als Bioprodukte gekennzeichnet und mit einem uneingeschränkten Bio-Hinweis versehen werden, wenn deren landwirtschaftliche Zutaten zu mindestens 95 (Gewichts-)Prozent aus ökologischem Landbau stammen. Die so genannte 70-Prozent-Regelung gibt es seit dem 1. Januar 2009 nicht mehr.

Für alle bei der Verarbeitung eingesetzten Zutaten ist Buch zu führen, ob sie aus eigener Produktion oder zugekauft sind. Der Warenausgang ist über eine Artikelstatistik oder zumindest über ein Produktionstagebuch zu erfassen. Der Betrieb muss die mengenmäßige Zusammensetzung (Gewichtsanteile oder Rezeptur) für jedes Verarbeitungsprodukt schriftlich vermerken. 

Auf dem Etikett eines Ökoproduktes müssen mindestens folgende Angaben stehen:

• Name und Anschrift des Erzeugers
• Bezeichnung und Menge des Erzeugnisses
• Hinweis, dass die Ware aus ökologischem Anbau stammt (zum Beispiel Ökoweizen, Bioland-Kartoffeln)
• Codenummer der Kontrollstelle (zum Beispiel DE-ÖKO-999). Die Codenummer ermöglicht Rückfragen über das Produkt bei der zuständigen Kontrollstelle.
• Seit 2010 müssen vorverpackte Bioprodukte, die in der EU erzeugt wurden, zusätzlich das EU-Bio-Logo und einen Hinweis auf die Herkunft der verwendeten Rohstoffe tragen. Vorverpackte Importware kann das EU-Bio-Logo in Verbindung mit dem vorgeschriebenen Hinweis auf die Herkunft der verwendeten Rohstoffe tragen.