Die Stallbaukonzepte im ökologischen Landbau orientieren sich an den artgemäßen Bedürfnissen der Tiere, denn die Stallhaltung bedeutet grundsätzlich einen starken Eingriff in das natürliche Verhalten. Beim Stallneu- oder -umbau gilt es daher, die arteigenen Bedürfnisse der Tiere mit den betriebs- und arbeitswirtschaftlichen Grundsätzen der modernen, ökologischen Landwirtschaft optimal zu vereinen. Milchkühe werden im Ökolandbau meist in Laufställen gehalten, in denen die verschiedenen Funktionsbereiche (Laufen, Ruhen, Fressen) getrennt sind. Die häufigsten Laufstallformen sind der Boxenlaufstall, der Tiefstreu- und der Tretmiststall.

Beim Laufstallbau sind Sackgassen zu vermeiden. Wenn dies nicht möglich ist, sollten die Laufgänge mindestens vier Meter breit sein. Einbahnwege, die nur einer Kuh Platz zum Durchgang ermöglichen, sollten höchstens einen Meter breit sein. Außerdem ist viel Platz für den Durchgang zum Auslauf einzuplanen; optimal sind zwei Zugänge oder zumindest ein mehr als 3,5 Meter breiter Zugang. Bei der Laufstallhaltung horntragender Milchkühe gilt es, durch Stallgestaltung und Platzangebot zu vermeiden, dass sich die Tiere mithilfe ihrer Hörner Raum verschaffen müssen. Jedoch kommt in diesem Fall auch dem Tiermanagement eine sehr entscheidende Rolle zu.

Bei der Stallplanung sollte auch die Anlage eines Laufhofs bedacht werden. Dieser kann zwar keine Weide ersetzen, sorgt aber für zusätzlichen Bewegungsraum und bietet den Tieren frische Luft. Mit Außenfressplätzen und Außenliegeboxen kann der Außenaufenthalt gefördert und verlängert werden. Auch Abkalbe- und Krankenboxen gehören in den Laufstall. Die Abkalbebox sollte der Kuh den Sichtkontakt mit der Herde ermöglichen und an ihrer kürzesten Seite mindestens drei Meter breit sein, damit bei Bedarf Geburtshilfe geleistet werden kann. Um eine hohe Trittsicherheit im Laufbereich zu gewährleisten, bietet sich Gussasphalt als Bodenbelag an. Zum Wohlbefinden der Kühe tragen Scheuermöglichkeiten und Bürsten in ganz erheblichem Maße bei.

In jedem Bundesland gibt es Förderprogramme für den Stallbau. Landwirte, die Baumaßnahmen planen, sollten sich deshalb in jedem Fall in ihrem Bundesland von ihrer Landwirtschaftsbehörde und ihrem Berater für ökologischen Landbau fachkundigen Rat einholen.