Generell sind geschlossene Kreislaufanlagen für die Tierproduktion in Aquakultur verboten. Sie dürfen jedoch für Brut- und Jungtierstationen oder für die Erzeugung von ökologischen Futterorganismen genutzt werden. Aufzuchtanlagen an Land müssen bestimmte Voraussetzungen erfüllen. Dazu gehört zum Beispiel, dass bei Durchflussanlagen die Möglichkeit besteht, die Wasserwechselrate und die Wasserqualität des zufließenden und des abfließenden Wassers zu kontrollieren. Zudem muss mindestens fünf Prozent der Fläche am Rand der Anlage (Teichrand) aus natürlicher Vegetation bestehen.

Haltungseinrichtungen im Meer müssen so angelegt sein, dass Wasserströmung, Wassertiefe und Wasseraustausch am gewählten Standort gewährleisten, dass Auswirkungen auf den Meeresboden und den umliegenden Wasserkörper auf ein Mindestmaß reduziert werden. Außerdem sollen Design, Konstruktion und Wartung der Netzkäfige an die am Standort herrschenden Umweltbedingungen angepasst sein. Die Erwärmung oder Kühlung des Wassers darf nur in Brut- und Jungtieranlagen künstlich erfolgen. Hingegen darf natürliches Brunnenwasser auf allen Produktionsstufen zum Erwärmen oder Kühlen des Wassers verwendet werden.

Ein weiteres wichtiges Kriterium der ökologischen Aquakultur sind die artspezifischen Besatzdichten. Diese legen fest, wie viele Fische pro Kubikmeter Wasser, bezogen auf die jeweilige Art, gehalten werden dürfen. 

Die Angaben hierzu finden sich separat im Anhang XIIIa der Durchführungsverordnung 889/2008. Dieser Anhang regelt, dass beispielsweise für Salmoniden in Süßwasser eine maximale Besatzdichte bei  Bach- und Regenbogenforellen von 25 kg/m³ und bei Lachs und Seesaibling von 20 kg/m³ gilt. Bei allen anderen als den genannten Salmoniden sind nur 15 kg/m³ zulässig. 

Bei der Produktion von Salmoniden im Meer gilt für Lachs, Forelle und Regenbogenforelle eine maximale Besatzdichte in Netzgehegen von 10 kg/m³. Die maximale Besatzdichte bei der Produktion von Karpfen und anderen vergesellschafteten Arten in Polykultur einschließlich Hecht, Wels, Barsch etc. in Binnengewässern ist auf 1.500 kg Fisch pro Hektar und Jahr begrenzt. Besatzdichten und weitere Details dazu finden sich in tabellarischer Form in Anhang XIIIa der Durchführungsverordnung 889/2008.

Regelmäßige Überwachung

Da sich die Besatzdichte auf das Wohlbefinden der Tiere auswirkt, müssen der Zustand der Fische (Flossen- oder andere Verletzungen, Wachstumsraten, Verhalten und allgemeiner Gesundheitszustand) und die Wasserqualität regelmäßig überwacht werden. Die Konstruktion, Standort und Betrieb der Fischzuchtanlagen sind so zu konzipieren, dass das Risiko eines Entweichens der Tiere minimiert wird. Wenn Fische oder Krebstiere dennoch entweichen, sind angemessene Maßnahmen zu ergreifen, gegebenenfalls einschließlich Wiedereinfang, um nachteilige Auswirkungen auf das Ökosystem zu vermindern. Über entsprechende Vorgänge ist Buch zu führen.