Grundsätzlich müssen für die Aquakultur Tiere aus ökologischer Haltung verwendet werden. Dabei sollten heimische Arten und gut an die Bedingungen der Aquakultur angepasste Stämme genutzt werden. Weiterhin ist wichtig, dass die Fische gesund sind und das Futter gut verwerten. Der Kontrollstelle müssen Aufzeichnungen über Herkunft und Behandlung der Tiere vorgelegt werden. Ferner sind Arten zu wählen, deren Produktion für Wildbestände weitgehend gefahrlos ist.

Wild gefangene oder nicht ökologisch erzeugte Aquakulturtiere dürfen nur in einen Betrieb hereingenommen werden, wenn ökologisch erzeugte Aquakulturtiere nicht verfügbar sind. Erlaubt ist auch die Nutzung dieser Tiere für Zuchtzwecke oder zur Verbesserung der Genetik des Zuchtbestands. Die Fische müssen jedoch mindestens drei Monate in ökologischer Haltung verbracht haben, bevor sie zu Zuchtzwecken eingesetzt werden dürfen.

Als Besatzmaterial und wenn ökologisch erzeugte Jungtiere nicht verfügbar sind, dürfen nicht ökologisch erzeugte Jungtiere eingesetzt werden. Sie müssen mindestens die beiden letzten Drittel des Produktionszyklus in ökologischer Haltung verbracht haben, bevor sie mit dem Hinweis auf ökologische Erzeugung vermarktet werden dürfen. Der Anteil einzusetzender nicht-ökologisch erzeugter Jungtiere wird zum 31. Dezember 2011 auf 80 Prozent und zum 31. Dezember 2013 auf 50 Prozent reduziert. Ab dem 1. Januar 2016 dürfen keine nicht-ökologischen Jungtiere mehr eingesetzt werden.

Wildfänge als Besatzmaterial sind nur zulässig, wenn dies durch natürliches Einströmen von Fisch- oder Krebstierlarven und Jungtieren beim Auffüllen von Teichen und anderen Haltungseinrichtungen erfolgt. Eine Ausnahme gibt es auch für den Europäischen Glasaal, solange für den betreffenden Standort ein genehmigter Aalbewirtschaftungsplan existiert und die künstliche Vermehrung weiterhin Probleme aufwirft.