Generell sind Eingriffe bei Aquakulturtieren (zum Beispiel beim Impfen) auf ein Mindestmaß zu reduzieren. Dabei sollten mit äußerster Sorgfalt geeignete Geräte und Verfahren verwendet werden, um Stress und Verletzungen, die mit Behandlungen einhergehen, zu vermeiden. Beim Umgang mit Elterntieren (zum Beispiel beim Ausstreifen von Eiern) wird darauf geachtet, Verletzungen und Stress auf ein Mindestmaß zu beschränken; gegebenenfalls sind die Tiere zu betäuben. Sortiervorgänge werden unter Berücksichtigung des Tierschutzes auf ein Mindestmaß reduziert.

Die Verwendung von künstlichem Licht ist in der ökologischen Aquakultur beschränkt. So darf die Tageslichtdauer nicht künstlich über ein Höchstmaß von 16 Stunden pro Tag hinaus verlängert werden. Dabei ist den ethologischen Bedürfnissen, geografischen Gegebenheiten und allgemeinen Gesundheitsanforderungen für Aquakulturtiere Rechnung zu tragen. Dieses Höchstmaß an künstlicher Beleuchtung gilt nicht für Fortpflanzungszwecke wie beispielsweise die Induktion eines Laichzyklus. Der Übergang von Hell zu Dunkel und umgekehrt darf nicht abrupt erfolgten, sondern ist durch den Einsatz von Dimmern oder Hintergrundbeleuchtung einzuleiten.

Eine Belüftung von Anlagen ist im Interesse des Tierschutzes und der Tiergesundheit unter der Bedingung erlaubt, dass mechanische Belüftungsgeräte vorzugsweise mit erneuerbaren Energien betrieben werden. Die Belüftung der Anlagen unter diesen Umständen muss in den Produktionsbüchern vermerkt werden. Der Einsatz von Sauerstoff ist eingeschränkt und darf nur erfolgen, wenn die Gesundheit der Tiere sowie kritische Phasen der Produktion und des Transports dies erfordern. Dies kann bei außergewöhnlichem Temperaturanstieg, Druckabfall oder versehentlicher Verunreinigung, bei vereinzelten Bewirtschaftungsverfahren wie Probenahmen und Sortieren oder um das Überleben des Bestands sicherzustellen erforderlich sein. Wird Sauerstoff eingesetzt, ist darüber Buch zu führen.

Beim Schlachten wird darauf geachtet, dass die Tiere sofort betäubt sind und keinen Schmerz empfinden. Bei der Festlegung optimaler Schlachtmethoden muss den unterschiedlichen Fischgrößen, Arten und Produktionsstandorten Rechnung getragen werden.