Die Tiergesundheit spielt in der Geflügelhaltung eine Schlüsselrolle. Krankheiten beeinflussen die Leistung einer Herde stark. Einerseits sind Krankheitserreger die Ursachen vieler Erkrankungen, andererseits sind aber auch Umwelteinflüsse sehr bedeutend.

Fehlendes oder schlechtes Management ist häufig der wichtigste Wegbereiter für Erkrankungen in der Geflügelhaltung. Eine Überwachung der Herde zur Früherkennung dieser Ursachen spielt nicht nur in der konventionellen Geflügelhaltung, sondern auch besonders in ökologisch wirtschaftenden Betrieben eine wichtige Rolle, um rechtzeitig prophylaktische oder therapeutische Maßnahmen ergreifen zu können.

Zur Betreuung eines Geflügelbestandes gehört die regelmäßige Überprüfung des Gesundheitszustands und des Verhaltens. Im Gegensatz zu Schwein und Rind, wo Krankheiten sich meist deutlich äußern und am Einzeltier erkennbar sind, können Vögel ihre Krankheitsanzeichen oft über lange Zeit verbergen. Zudem sind erkrankte Einzeltiere in großen Gruppen nicht einfach auszumachen.

Regelmäßige stichprobenartige Kontrollen des Geflügelbestandes sind deshalb besonders wichtig. Hierzu sollten Tiere herausgefangen und ihre Körperkondition beispielsweise durch Abtasten der Brustbemuskelung beurteilt werden. Gefiederschäden, Verletzungen der Haut, Kotverschmutzung des Kloakengefieders als Anzeichen einer Durchfallerkrankung und die Farbe der Kopfanhänge können so besser beurteilt werden und geben bereits erste Hinweise auf den Gesundheitszustand.

Früher konnten die Erkrankungen auf Grund von ausgeprägten klinischen Symptomen relativ leicht bestimmt werden (zum Beispiel Hämorrhagische Enteritis, Geflügelpest, Pockenvirus-Infektion). Heute verlaufen viele Krankheiten jedoch oft ohne stark ausgeprägten klinische Symptome. Eine Erklärung dafür könnte die ständige Änderung der Pathogenität sein. 

Wichtige Hinweise auf eine Erkrankung können durch ein sogenanntes Herdenmonitoring gewonnen werden. Dazu zählen folgende Daten:

• Produktionszahlen: Verluste, Gewicht, Uniformität, Legeleistung
• Herdenbild: Einzelne Tiere erkrankt, gesamte Herde erkrankt
• Tierparameter: Kotbeschaffenheit, Verhalten, Augen- und Nasenausfluss, Gelenksentzündungen und andere klinische Symptome
• Luft: Geruch, Staub, Feuchtigkeit, Luftführung
• Einstreu: Qualität, Staub, 
• Temperatur: Tierart- und altersspezifische Anpassung

Ein Herdenmonitoring reicht oft nicht, um eine eindeutige Diagnose zu stellen. Weitere diagnostische Methoden wie Sektion, Serologie, Kotuntersuchung, Histologie, Bakteriologie und Futtermitteluntersuchung sind oft unumgänglich. Ziel eines solchen Herdenmonitorings sind eine gezielte Beseitigung und Vorbeugung der Krankheitsursachen.