Die ökologische Junghennenaufzucht ist von elementarer Bedeutung für die ökologische Legehennenhaltung. Es dürfen nur dann konventionell aufgezogene Jungehennen im Alter von bis zu 18 Wochen zugekauft werden, wenn keine Junghennen aus ökologischem Landbau verfügbar sind. Ab 2006 müssen auch konventionelle Aufzüchter, die Junghennen für Biobetriebe anbieten, Fütterung, Krankheitsvorsorge und -behandlung gemäß EU-Rechtsvorschriften für den ökologischen Landbau durchführen. 

Auf Initiative der Anbauverbände wurde eine Ökojunghennenaufzucht bereits vor längerer Zeit schrittweise aufgebaut, so dass der Bedarf an Junghennen aus ökologischer Aufzucht zunehmend gedeckt werden kann. Landwirte und Kontrollstelle können die konkrete Verfügbarkeit von Ökojunghennen online abfragen (siehe Link rechte Spalte "Interessengemeinschaft Biogeflügel e.V.").

Obwohl in den EU-Rechtsvorschriften für den ökologischen Landbau bislang keine speziellen Angaben für die Junghennenaufzucht gemacht werden, können die folgenden Anforderungen an eine Ökojunghennenaufzucht abgeleitet werden:

• Maximal 1.600 Quadratmeter Stallfläche pro Betriebseinheit
• Maximal 4.800 Tiere pro Stalleinheit
• Tageslicht im Stall
• Freier Zugang zu Futter und Wasser
• Geeignete Rassen und Herkünfte
• Aufbaummöglichkeiten (Sitzstangen)
• Kein systematisches Kürzen der Schnäbel

Bei Verbandszugehörigkeit sind die jeweiligen Richtlinien zu beachten, die in einzelnen Bereichen höhere Anforderungen setzen.

Ein wichtiger Ausgangspunkt für die ökologische Junghennenaufzucht ist die Erkenntnis, dass Legehennen unter solchen Bedingungen aufgezogen werden sollen, unter denen sie später im Legehennenstall gehalten werden. Somit sind die Vorgaben für die Legehennen in angepasster Weise auch für die Junghennen maßgeblich.

Grundsätzlich haben die Aufzuchtsställe Fenster oder besser noch Lichtbänder in den Außenwänden, die den Einfall von Tageslicht ermöglichen. Zur Regulierung der Tageslichtlänge im Verlauf der Aufzuchtsperiode können die Fenster mit lichtdichten Einrichtungen, zum Beispiel Klappen, versehen werden. 

Bei großen Tierzahlen werden die Küken zunächst in kleine Gruppen unterteilt. Da die Küken vom ersten Tag an recht aktiv sind und ihre Umwelt erkunden, ist das Aufzuchtsabteil von Anfang an mit Futterplätzen, Tränken, Schutzmöglichkeiten, Sandbad und erhöhten Ruhemöglichkeiten einzurichten. Auf diese Weise haben die Küken die Möglichkeit, alle angeborenen Verhaltenweisen altersgemäß auszuführen.

Spätestens wenn die Tiere voll befiedert sind, können sie mühelos höhere Ebenen aufsuchen und sich auch mit dem Außenklima auseinandersetzen. Ein überdachter Bereich im Freien, der den Tieren während der Lichtphase frei zugänglich ist, eignet sich am besten. Weitere Bewegungsebenen werden den Jungtieren in Volieren-Aufzuchtssystemen oder modifizierten Bodenhaltungssystemen angeboten. Die für die Nachtruhe bevorzugten Sitzstangen können in diese Ebenen integriert sein oder sie werden als gesondertes Einrichtungselement angeboten. Hier gilt es zu berücksichtigen, dass altersgemäß ausreichend Sitzplätze für die gleichzeitige Nutzung aller Tiere angeboten werden. 

Die Futterversorgung der Küken ist über die Herstellung eigener Futtermischungen mit den derzeitig verfügbaren Futterkomponenten möglich. Es können Nährstoffgehalte wie bei handelsüblichen Starter-, Küken- und auch Aufzuchtsfuttermitteln erreicht werden, ohne die Futterakzeptanz zu beschränken. Wichtig für den Einsatz in Volierensystemen ist, dass die Tiere rechtzeitig lernen, Futter und Wasser auf unterschiedlichen Ebenen zu suchen oder wahrzunehmen. Darum müssen sie in der Aufzucht die Fütterungstechnik und deren Anordnung im Stall kennenlernen. Gleiches gilt für die Wasserversorgung.

Die von den EU-Rechtsvorschriften für den ökologischen Landbau geforderte Versorgung des Geflügels mit Raufutter kann auch in der Junghennenaufzucht erreicht werden. Mit zunehmendem Alter können den Jungtieren zum Beispiel Körner angeboten werden, nach denen sie scharren können.

Spätestens mit voller Befiederung muss den Tieren ausreichend Platz zum Sand- und Staubbaden für die Gefiederpflege zur Verfügung stehen. Gleichzeitig können die Jungtiere Steinchen für den Magen sammeln.