Im Stall muss den Tieren ein eingestreuter Liegebereich zur Verfügung stehen. 50 Prozent der Mindestfläche darf gemäß Anhang III der Durchführungsbestimmungen perforierter Boden sein.

In der Kälberhaltung darf ab der zweiten Lebenswoche keine Haltung in isolierten Einzelboxen mehr erfolgen.

Auf Gemeinschaftsweiden ist die Haltung von konventionellen Tieren auf Ökoweideflächen möglich. Die Voraussetzung ist jedoch, dass die konventionellen Tiere aus einer extensiven Tierhaltung stammen. Bei Grünland, das ausschließlich als Weide genutzt wird, dürfen ökologische und konventionelle Tiere auf der gleichen Fläche gehalten werden. Die Haltung von Ökotieren auf Gemeinschaftsweiden ist dann möglich, wenn in den letzten drei Jahren keine anderen als im Anhang I und II der Durchführungsbestimmungen gelisteten Dünge- und Pflanzenschutzmittel eingesetzt wurden.

Während der Wander- beziehungsweise Hüteperiode dürfen Ökotiere beim Trieb auf konventionellen Flächen weiden, wenn zehn Prozent konventioneller Futteranteil an der gesamten jährlichen Futterration nicht überschritten werden.

Für kleine Betriebe gilt weiterhin eine Ausnahme für Anbindehaltung. So dürfen bei einer Bestandsgröße von maximal 35 Rindergroßvieheinheiten Tiere angebunden sein, wenn sie während der Weidezeit Weidegang haben und außerhalb der Weidezeit mindestens zweimal in der Woche Zugang zu Freigelände haben. Die Übergangsregelung zur Anbindehaltung mit regelmäßigem Auslauf gilt nur für Stallgebäude, die vor dem 24.08.2000 errichtet wurden, Ausnahmegenehmigungen durch die Kontrollbehörde sind längstens noch bis Ende 2013 möglich. Seit 2011 muss eine zweimalige Kontrolle im Jahr erfolgen.

Für die Geflügelhaltung gilt, dass mindestens ein Drittel der Bodenfläche eingestreut und planbefestigt sein muss. Darüber hinaus muss ein ausreichender Teil der Bodenfläche als Kotgrube ausgestaltet sein und es müssen Sitzstangen im Stall vorhanden sein. Ein- und Ausflugklappen in den Kaltscharrraum beziehungsweise in den begrünten Auslauf sollen eine Länge von mindestens vier Meter je 100 Quadratmeter Stallfläche aufweisen. Während mindestens einem Drittel seiner Lebensdauer muss Geflügel Zugang zu einem begrünten Freigelände haben. Zwischen zwei Belegungen ist dem Auslauf eine Ruhezeit einzuräumen. Die Ställe müssen nach der Räumung desinfiziert werden. Wassergeflügel braucht mindestens Zugang zu einem Wasserbecken.

Ein Geflügelstall darf eine bestimmte maximale Zahl von Tieren (zum Beispiel 3.000 Legehennen) nicht überschreiten. Allerdings sind keine getrennten Futter-, Eier- und Kotbänder zwischen den einzelnen Ställen erforderlich. Bei Mastgeflügel darf die maximale Gesamtnutzfläche der Geflügelställe je Produktionseinheit 1.600 Quadratmeter nicht überschreiten.

Für alle Mastgeflügelarten gelten verschiedene Mindestschlachtalter. Die einzelnen Mitgliedstaaten können jedoch langsam wachsende Rassen oder Linien definieren, falls das Mindestschlachtalter nicht erreicht wird. Für alle Geflügelarten sind eine tägliche maximale Lichtdauer von 16 Stunden und eine ununterbrochene Mindestnachtruhe von acht Stunden einzuhalten.