Bisher werden im Biolandbau bei allen Tierarten weitgehend die gleichen Rassen und Linien gehalten wie in der konventionellen Landwirtschaft. Die Status-Quo-Erhebungen des Bundesprogramms Ökologischer Landbau haben diese Tatsache bestätigt.

Aus zwei Gründen ist langfristig eine Überwindung dieser Situation erforderlich:

1. Bestimmte Entwicklungen der konventionellen Tierzucht widersprechen den ethischen Grundsätzen des ökologischen Landbaus.

• Höchstleistungen werden zum Teil auf Kosten der Gesundheit und des Wohlbefindens der Tiere erbracht. Die immer kürzer werdende Nutzungsdauer von Milchkühen ist unter anderem züchtungsbedingt. Bei Legehennen treten Knochenerweichungen, Knochenbrüche sowie Federpicken und Kannibalismus auf.
• Die einseitige Zucht von Legehennen-Hybriden führt wegen mangelnder Rentabilität zur Tötung der männlichen Küken unmittelbar nach der Geburt.
• Bei der Zucht von Puten, eventuell auch von Masthähnchen, führt die Ausrichtung auf höchste Mastleistungen dazu, dass arteigenes Verhalten nicht mehr ausgeführt werden kann. Es handelt sich also um Qualzucht.
• Die Richtlinien des ökologischen Landbaus fordern den Verzicht auf Embryotransfer sowie bio- und gentechnische Methoden. Die Transparenz der Zuchtmethoden ist jedoch bisher nicht immer gegeben.

2. Die Haltungs- und Fütterungsbedingungen im ökologischen Landbau unterscheiden sich in vielfacher Hinsicht von denjenigen des konventionellen Landbaus. 

Es ist zu erwarten, dass Genotypen, die unter konventionellen Bedingungen die besten Leistungen erbringen, nicht identisch mit den Besten im ökologischen Landbau sind. Für Rinder und Legehennen gibt es Untersuchungen, die diesen Zusammenhang belegen. In welchem Umfang Genotyp-Umwelt-Interaktionen bei nach ökologischen Richtlinien  gehaltenen Tieren wirksam werden, ist jedoch noch nicht ausreichend untersucht. 

Innerhalb der konventionellen Landwirtschaft bestehen Betriebe mit sehr unterschiedlichen Betriebskonzepten und Intensitätsniveaus. Daraus ergeben sich auch innerhalb des ökologischen Landbaus unterschiedliche Zuchtziele. Gleichzeitig überlappen sich die Anforderungen teilweise mit konventionellen Betrieben. So ist zum Beispiel die im Ökolandbau wichtige Freilandeignung von Legehennen auch für die konventionelle Freilandhaltung bedeutsam. In der Rinderzucht auf Lebensleistung arbeiten konventionell und biologisch wirtschaftende Züchter eng zusammen.