Die konventionellen Rinderzuchtverbände und Besamungsorganisationen verfolgen mit ihrem Angebot und Planungen zur weiteren Leistungssteigerung und zum Fütterungsregime keine für den ökologischen Landbau geeigneten Zuchtziele. Bereits heute haben die Ökolandwirte mit den konventionellen Tieren aller Rassen Probleme, die sich in einer vermehrten Krankheitsanfälligkeit und dem frühzeitigen Ausscheiden dieser Tiere zeigen.

Bei den Schwarzbunten Rindern (Holstein Friesian) stammen zudem circa 80 Prozent aller Bullen aus Embryotransfer, der laut den EU-Rechtsvorschriften für den ökologischen Landbau nicht zugelassen ist. Immer häufiger gibt es Bullen, die durch die übliche künstliche Besamung auf mehr als eine Million Erstbesamungen kommen, was eine genetische Verengung der Varianz und somit eine unkontrollierte Zunahme der Inzucht zur Folge hat.

Zuchtziele für die ökologische Rinderzucht:

• Hohe Lebensleistung auf der Basis einer stabilen Konstitution
• Spätreife Kühe, die ihre höchsten Milchleistungen erst ab der vierten Laktation erreichen, wenn der Organismus ausgereift ist, die Organe trainiert sind und ein hohes Grundfutterverwertungsvermögen besteht
• Hohe Grundfutterleistung (5.000 bis 6.000 Kilogramm werden in der Praxis erreicht)
• Die Höhe der angestrebten Milchleistung hängt von zahlreichen Faktoren ab. In der Regel liegt sie zwischen 5.000 und 8.000 Kilogramm.
• Eine flache Laktationskurve und eine hohe Persistenz

Obwohl laut den EU-Rechtsvorschriften für den ökologischen Landbau die Fortpflanzung grundsätzlich durch den Natursprung erfolgen sollte, beträgt der Anteil künstlicher Besamungen in ökologischen Milchviehbetrieben etwa 85 Prozent. Für den Natursprung spricht, dass er naturgemäß ist, die Fruchtbarkeit der Kühe besser und sicherer ist, die Herden ruhiger und homogener werden, es vor allem in größeren Herden arbeitswirtschaftliche Erleichterungen gibt und die Kuh bei der Zucht eine wichtigere Rolle spielt. Allerdings birgt die Stierhaltung auch gewisse Gefahren. Um die Unfallgefahr einzuschränken, kann es daher auch sinnvoll sein, den Deckbullen nicht in der Herde mitlaufen zu lassen, sondern die brünstige Kuh jeweils zum Deckbullen zu bringen.

Vorbildlich ist das Zuchtsystem der Familienzucht. Dabei wird auf der Grundlage von Kuhfamilien eine Linienzucht betrieben. Bei dieser Form der intensivierten Reinzucht wird nach der Zuchtregel "Züchten mit Blutanschluss" verfahren. Da keine Tiere zugekauft werden und die Selektion unter den Betriebsbedingungen stattfindet, passt sich die Herde immer besser dem regionalen Standort an. Neben Merkmalen der Dauerleistung wird nicht zuletzt der Charakter der Tiere berücksichtigt. Mit dieser Methode können auch kleinere und mittlere Betriebe gute Zuchtergebnisse erzielen. Berücksichtigt werden muss die Gefahr von möglichen Erbfehlern durch Inzucht.