Insbesondere in der Sauenhaltung ist eine Planung der Arbeitsvorgänge unumgänglich. In einem gut geführten "Sauenplaner" sind Abläufe wie das Einstallen der Sauen in den Abferkelbereich, das Abferkeln, Routinemaßnahmen (zum Beispiel Eisengabe), das Absetzen und das Umstallen klar geplant und gekennzeichnet. Hilfreich ist dabei die Festlegung spezifischer Arbeitsgänge auf bestimmte Wochentage, zum Beispiel das Absetzen der Ferkel am Donnerstag und Decken der Sauen ab Montag. 

Hygienemanagement

Auch für die ökologische Schweinehaltung gelten die Vorgaben der Schweinehaltungshygieneverordnung (SchHaltHygV, Juni 1999). Die wichtigste Hygienemaßnahme ist die häufige und regelmäßige Entmistung der Kotbereiche. Zum Beispiel sollte der Auslauf im Endmastbereich mindestens zweimal pro Woche gemistet und frisch eingestreut werden. Dies senkt den Parasitendruck und mindert zudem Emissionen. Die Oberflächen von Buchtenabtrennungen müssen glatt, gut zu reinigen und ausreichend haltbar sein. In der Praxis haben sich Abtrennungen aus Kunststoff bewährt. Bei der Verwendung von Holz sind langjährig haltbare Harthölzer (beispielsweise Eiche) Weichhölzern wie Kiefer und Fichte vorzuziehen.

Der Innenstallbereich (Flächen, Böden, Wände, Decken und Geräte) sollte nach jedem Durchgang eingeweicht, mit dem Hochdruckreiniger gesäubert werden und dann einige Tage (mindestens zwei) leerstehen. Die Oberflächenbehandlung mit Brandkalk hat bei hohem Krankheitsdruck keine ausreichend desinfizierende Wirkung, ist aber grundsätzlich als unterstützende Hygiene-Maßnahme sinnvoll. Im Bedarfsfalle kann mit den nach den EU-Rechtsvorschriften für den ökologischen Landbau erlaubten Mitteln desinfiziert werden, ansonsten genügt die gewissenhafte Nassreinigung. 

Gesundheitsmanagement

Grundlage der Krankheitsvorsorge sind eine geeignete Zucht, die artgemäße Haltung, hochwertige Fütterung und eine angemessene Besatzdichte. Bei Gesundheitsproblemen im Bestand sollte gegebenenfalls der Keimstatus durch einen Tierarzt mittels Blut- und/oder Kotproben ermittelt werden und nach tierärztlicher Anweisung eine Desinfektion mit Mitteln aus der DLG-Liste, unter Berücksichtigung der EU-Rechtsvorschriften für den ökologischen Landbau und der Jahreszeit, durchgeführt werden. Maßnahmen zur Infektionskontrolle sind:

• ausreichende Einstreu
• Steigerung der Abwehrkraft
• Angepasste Besatzdichte
• Gezielte Stallbelegung
• Reinigung und Desinfektion
• Schadnagerbekämpfung

Buchtenplanung für ferkelführende Sauen

Bei einer Säugezeit von mindestens 40 Tagen in Einzelabferkelbuchten werden 40 Prozent der Sauenplätze für Abferkelbuchten benötigt. Beim Gruppensäugesystem reduziert sich der Bedarf von Einzelabferkelbuchten auf ein Drittel (etwa 15 Prozent der Sauenplätze).

Die Anzahl der gleichzeitig abferkelnden Sauen ist die Vorgabe für die Gruppengrößen der Ferkelaufzuchtbuchten. Ferkeln beispielsweise immer drei Sauen zusammen ab, hat die Aufzuchtbucht Platz für mindestens 30 Ferkel. Findet eine Gruppenhaltung säugender Sauen statt, wird für jede Gruppensäugebucht eine Aufzuchtbucht eingerichtet.

Für die anschließende Mastphase sollte die Gruppe geteilt werden. Je nach Vermarktungsweg entstehen Gruppen zwischen zehn und etwa 30 Tieren. Die Tiergruppen sollten möglichst immer stabil sein und aus hygienischen Gründen und Gründen der Gruppenhierarchie  immer nur geteilt werden. Neu-, bzw. Umgruppierungen sind wegen der dann auftretenden neuen Rangkämpfe zu vermeiden. In allen Bereichen des Betriebes sollten ausreichend Reserveplätze eingeplant werden.