Mindestens einmal pro Jahr werden ökologische Erzeuger- und Verarbeitungsbetriebe von einer anerkannten Kontrollstelle überprüft. Ferner werden unangekündigte Inspektionen durchgeführt. Die Kontrolle umfasst die Bereiche:

• sämtliche relevanten Betriebsunterlagen
• Pflanzen und Pflanzenerzeugnisse aus landwirtschaftlicher Produktion
• Tiere und tierische Erzeugnisse aus der Tierproduktion
• Einrichtungen für die Aufbereitung und Verarbeitung von pflanzlichen und tierischen Erzeugnissen
• Importe von Rohwaren sowie von Lebensmitteln

Die Kontrollkosten liegen zwischen rund 250 und 770 Euro pro Betrieb und Jahr. In den meisten Bundesländern wird ein Kontrollkostenzuschuss mit der Bioförderung gewährt.

Ökobetriebe sind verpflichtet, über alle betrieblichen Maßnahmen Buch zu führen. Der Kontrollperson ist Zugang zu allen Räumen und Flächen sowie Einblick in alle betriebsrelevanten Aufzeichnungen zu geben. Für den landwirtschaftlichen Bereich wird bei der pflanzlichen Produktion beurteilt, ob die Produktionsrichtlinien eingehalten wurden und die entsprechenden Unterlagen und Aufzeichnungen vorliegen. Bei der tierischen Produktion werden die Ställe, Dunglagerplätze, Auslaufflächen und Verarbeitungsräume inspiziert. Veränderungen der Tierzahlen, die Futtermittel und die Krankheitsvorsorge müssen fortlaufend im Haltungsbuch und Bestandsregister aufgeführt sein. Das Ergebnis der Betriebskontrolle wird in einem Abschlussbericht festgehalten.