Das Thema Qualitätssicherung spielt im Lebensmittelmarkt eine so bedeutende Rolle, dass man ohne passfähige Prüfnachweise vielfach nicht mehr liefern darf. Die im Ökobereich durch die EU vorgeschriebene Warenstromkontrolle wird sehr häufig nicht als ausreichend erachtet, um Betrugsfällen und Unachtsamkeiten vorzubeugen. Große Lebensmittelhersteller fordern in der Regel die Kompatibilität mit modernen Systemen der Qualitätssicherung wie ISO 9000:2000 etc. (siehe auch Thema Qualitätsmanagement). Der Aufbau eines Qualitätssicherungssystems sollte aber genau mit den Kundenbedürfnissen abgestimmt werden, das heißt, sich an den Markterfordernissen orientieren. Da die Kosten der Etablierung von Qualitäts-Managementsystemen kleine Betriebe unverhältnismäßig viel Geld kosten, stellt sie einen Kooperationsanalass dar. Im Prinzip verbirgt sich auch hier dahinter das Problem, die Rentabilitätsschwelle zu überwinden.