Im Zuge der Umstellung auf biologischen Landbau nach den Richtlinien von Bioland reduzierte Rainer Waizenegger 1998 seinen Milchvieh- und Mastschweinebestand. Er passte so den Tierbestand optimal an die Hoffläche an. Seit der Umstellung haben sich die Grasnarbe und der Pflanzenbestand - auch wegen des Einsatzes von Biogasgülle - optimal entwickelt.

Die Milch seiner 42 Milchkühe vermarktet Rainer Waizenegger über das Allgäuer Emmentaler Werk Kimratshofen. Die Mastschweine werden zu einem großen Teil an Endverbraucher und die Gastronomie direkt vermarktet.

Rainer Waizenegger ist Mitbegründer einer bäuerlichen, regionalen Direktvermarktungsinitiative mit Metzgerei und Ladengeschäft. Hierüber werden auch ökologische Lebensmittel vermarktet.

Seit Herbst 1999 betreibt er eine eigene Biogasanlage zur Stromgewinnung aus Gülle/Mist und Futterresten. Die Überschusswärme wird zur Unterstützung der Holzheizung und der Warmwasserbereitung in Haus und Stall genutzt. Des Weiteren ist Rainer Waizenegger Teilhaber einer nahe gelegenen Windkraftanlage.