Unter den Oberbegriff Ökoaquakultur fallen artgerechte Teichanlagen und Netzgehege. Insbesondere Karpfen, Forellen und Saiblinge sowie Shrimps, Pangasius und Tilapia werden in ökologischer Teichwirtschaft "erzeugt". In ökologisch angelegten Netzgehege-Kulturen wachsen vor allem Lachse, aber auch Doraden, Kabeljau und Wolfsbarsche heran.

Vorreiter der EU-Rechtsvorschriften für die ökologische Aquakultur waren die Richtlinien der Anbauverbände Naturland, Bioland, Demeter und Biokreis in Abstimmung mit Experten und mit der weltweiten Dachorganisation IFOAM (International Federation of Organic Agriculture Movements). Die Auflagen stecken den Rahmen ab für naturnahe Teichanlagen. Unter anderem müssen sich die Teichwirte dazu verpflichten, die Besatzdichte artgerecht niedrig zu halten und gleichzeitig eine hohe Artenvielfalt an Tieren und Pflanzen zu fördern. Die Anwendung von chemisch-synthetischen Pflanzenschutzmitteln ist untersagt. Pflanzliche Futtermittel müssen aus ökologischer Erzeugung stammen, die sogenannte Gammelfischerei (Fischfang allein zum Zweck der Tierfutterherstellung) ist verboten. Die Fische dürfen weder chemisch-synthetische Futterzusatzstoffe noch gentechnisch erzeugtes Futter bekommen. Wie überall in der ökologischen Tierhaltung dürfen auch Fische aus ökologischer Teichwirtschaft nicht vorbeugend mit Medikamenten oder Hormonen behandelt werden.