Böden bestehen aus mineralischen und organischen Bestandteilen. Dazu gehören der Humus (bereits zersetzte organische Substanz) und die Bodenlebewesen. Kleine Bodentiere und Bakterien bauen abgestorbene Tiere und Pflanzenteile wie abgefallenes Laub in wertvollen Humus um. Der Humus speichert Nährstoffe und Wasser für die Pflanzen. Wer einen fruchtbaren Boden haben will, braucht also viel Humus.
Der Anbau von Hülsenfrüchten wie Klee oder Ackerbohnen sorgt für Nährstoffnachschub. Mithilfe von Knöllchenbakterien binden diese Pflanzen an ihren Wurzeln Stickstoff aus der Luft und reichern ihn so im Boden an. Organischer Dünger in Form von Mist oder Mistkompost liefert Humus, der sich nach und nach wieder abbaut. Nicht jede Pflanze "verbraucht" beim Wachstum jedoch gleich viel Humus: Zuckerrüben und Kartoffeln gehören zu den Humuszehrern. Kleegras und Ackerbohnen gelten als Humusmehrer.
Bio-Bäuerinnen und Bio-Bauern wechseln daher humusmehrende und humuszehrende Kulturen in langen Fruchtfolgen ab. Regenwürmer unterstützen als besonders wichtige Partner die Arbeit der Bio-Bäuerinnen und Bio-Bauern. Mit ihren Röhren sorgen sie für Durchlüftung und Drainage der Böden. Pro Hektar finden sich in einem guten Bio-Acker eine bis drei Millionen Regenwürmer.
Egal ob Bio oder konventionell: Der Verkauf von Eiern, Milch oder Fleisch, aber auch von Getreide, Obst oder Gemüse entzieht dem Betriebskreislauf Humus und damit Nährstoffe. Im Unterschied zu konventionell arbeitenden Betrieben dürfen Bio-Bäuerinnen und Bio-Bauern die Nährstoffe jedoch nicht mit schnell wirkenden Mineraldüngern ersetzen. Daher hat im Öko-Landbau der natürliche Aufbau von Bodenfruchtbarkeit eine besondere Bedeutung. Ziel ökologisch wirtschaftender Betriebe ist ein möglichst geschlossener betrieblicher Nährstoffkreislauf.