Die Wurzelernte fällt meist in den Spätherbst nach der Vegetationsperiode. Der Boden muss gut befahrbar sein und sich gut aus dem Erntegut ausschütteln lassen. Bei den nichtlaubeinziehenden Arten (Alant, Baldrian, Angelica) müssen zuerst die oberirdischen Pflanzenteile abgeschlagen werden. Zur Rodung der Wurzeln können dann die üblichen landwirtschaftlichen und gemüsebaulichen Geräte genutzt werden (Siebkettenroder, Kartoffel- oder Rübenvollernter, Schwingsiebkettenroder). Ausreichender Tiefgang des Gerätes für tiefwurzelnde Pflanzen (Meerrettich, Enzian) wird beispielsweise mit dem Rüttelscharroder erreicht. Ein geteiltes Wippschar gleitet schnell und tief in den Boden. Hinter dem Wippschar zerbrechen Absiebestäbe große Erdklumpen und entfernen die Erde. Die Wurzeln werden nach der Ernte zerkleinert und in Gemüsewaschmaschinen gereinigt.
Körnerernte
Körnerfrüchte können mit Mähdreschern beerntet werden. Vor dem Drusch sollte man sich unbedingt über die genauen Mähdreschereinstellungen und Besonderheiten der Kulturen informieren. Manche Arten neigen bei Samenreife stark zum Ausfallen der Körner (Kümmel, Koriander). Kümmel sollte sehr scharf gedroschen werden, um die Stielchen von den Früchten abzulösen. Koriander darf dagegen nicht scharf gedroschen werden, da sonst die Teilfrüchte zerfallen und vermarktungsunfähig sind. Der Schwaddrusch ist für Mariendistel zu empfehlen, deren Samen bei vollständig grünem Laub reifen und für Kulturen mit extrem ungleichmäßiger Abreife wie zum Beispiel Bockshornklee.