Um Weine als Bio-Weine verkaufen zu dürfen, ist es notwendig sich nach der EU-Öko-Verordnung zertifizieren zu lassen. Voraussetzung hierfür ist die Kontrolle und Bestätigung der Einhaltung der ökologischen Wirtschaftsweise durch eine unabhängige Kontrollstelle, sowie die Nennung der staatlichen Kontrollnummer auf dem Flaschenetikett.
Seit August 2012 kann Bio-Wein mit dem EU-Bio-Logo als ökologischer bzw. biologischer Wein gekennzeichnet werden. Das heißt: Bio-Wein ist nunmehr eindeutig als ökologisches Erzeugnis identifizierbar.
Anbauverbände wie Bioland, Naturland, Demeter, GÄA oder Ecovin haben bereits vor 2012 eigene Richtlinien für die Weinbereitung aufgestellt. Diese unterscheiden sich von der EU-Verordnung durch in Teilen höhere Auflagen beziehungsweise striktere Verbote bei der Verwendung von Hilfsstoffe und Verfahren.
Vor dem Weinjahrgang 2012 konnte Bio-Wein nur als "Wein aus Trauben aus ökologischem Anbau" ausgezeichnet werden. Die mit der mittlerweile alten EU-Öko-Verordnung (EG) Nr. 834/2007 geschaffenen Bestimmungen wurden im Jahr 2012 um die Verordnung (EU) Nr. 203/2012 ergänzt, die detaillierte Vorschriften für die ökologische Weinbereitung enthält. Darin wurde das nationale Weingesetz durch zusätzliche Auflagen eingeschränkt. Damit wurde der Weg frei gemacht für den europäischen Bio-Wein.
So wurden bei der Produktion von Bio-Wein einige der im önologischen Kodex verankerten Mittel verboten, bei anderen gibt es Höchstmengenbegrenzungen. Grundsätzlich wurden alle für die Verarbeitung von Bio-Trauben geltenden gesetzlichen Bestimmungen in der EU-Verordnungen Nr. 606/2009 und 607/2009 aufgeführt.
Seit Januar 2022 ist die neue EU-Öko-Verordnung VO 2018/848 in Kraft getreten. Diese brachte weitere Änderungen für die Kellereitechnik, wie für den Weinbau mit sich. Die Herstellung von Bio-Wein ist in Anhang II Teil VI der neuen Verordnung geregelt. Sofern in diesem Teil nicht ausdrücklich etwas anderes bestimmt ist, finden die Verordnungen (EG) Nr. 606/2009 (Durchführungsbestimmungen zur Verordnung (EG) Nr. 479/2008 des Rates hinsichtlich der Weinbauerzeugniskategorien, der önologischen Verfahren und der diesbezüglichen Einschränkungen) und (EG) Nr. 607/2009 (Durchführungsbestimmungen zur Verordnung (EG) Nr. 479/2008 des Rates hinsichtlich der geschützten Ursprungsbezeichnungen und geografischen Angaben, der traditionellen Begriffe sowie der Kennzeichnung und Aufmachung bestimmter Weinbauerzeugnisse) der Kommission Anwendung.
Bio-Wein sollte ausschließlich aus ökologischen/biologischen Ausgangsstoffen hergestellt werden, und es sollten nur bestimmte Erzeugnisse und Stoffe hinzugefügt werden dürfen, die gemäß dieser Verordnung zugelassen sind. Die Verwendung bestimmter önologische Verfahren, Prozesse und Behandlungen sollten bei der Herstellung von Bio-Wein verboten sein. Andere Verfahren, Prozesse und Behandlungen sollten unter genau festgelegten Bedingungen erlaubt sein.
Bei den erlaubten Verfahren, Prozessen und Behandlungen gelten für Bio-Weine folgende Einschränkungen:
