Nach EU-Öko-Verordnung ist eine Teilbetriebsumstellung möglich – das heißt, eine konventionelle und ökologische Bewirtschaftung auf ein und demselben Betrieb. Voraussetzung ist eine strikte Trennung der Bereiche. Teilumgestellte Betriebe erhalten allerdings keine Fördermittel für den ökologischen Landbau, weder in der schwierigen Umstellungsphase, noch danach.

Das Statistische Bundesamt schätzt, dass in Deutschland rund fünf Prozent aller Bio-Betriebe teilumgestellte Betriebe sind.

Damit die Umstellung des Gesamtbetriebes unter wirtschaftlich tragbaren Rahmenbedingungen abläuft, kann sie schrittweise erfolgen. Das heißt, die Flächen und Betriebsteile, die richtliniengemäß bewirtschaftet werden, nehmen kontinuierlich zu. Bei einer schrittweisen Umstellung von Flächen oder einer Umstellung von zum Beispiel Zupachtflächen ist außerdem zu beachten, dass dieselbe Sorte im Betrieb nicht gleichzeitig ökologisch und konventionell angebaut werden darf. Kulturen auf Flächen mit unterschiedlichem Umstellungsstatus müssen deutlich unterscheidbar sein.

Ein- oder überjährige Kulturen (Getreide, Gemüse, Feld- und Hackfrüchte sowie Grünland) dürfen als Öko-Ware verkauft werden, wenn sie frühestens 24 Monate nach Umstellungsbeginn gesät bzw. gepflanzt wurden. Dauerkulturen (Obst, Spargel, Hopfen, Wein) erreichen den Status als Öko-Ware, wenn sie frühestens 36 Monate nach Umstellung geerntet wurden. Eine Kennzeichnung als Umstellungsware für pflanzliche Erzeugnisse ist möglich, wenn sie nur eine pflanzliche Zutat (zum Beispiel Kartoffeln, Äpfel) enthalten.

Die Fruchtfolge ist vielseitig und ausgewogen zu gestalten. Regelungen, wie hoch zum Beispiel der Anteil der Leguminosen an der Fläche sein muss, gibt es nicht.

Der Einsatz gentechnisch-veränderter Organismen (GVO) oder daraus hergestellter Stoffe ist verboten.

Die Nutzung ist nicht geregelt. In Biogasanlagen dürfen damit zu 100 Prozent konventionelle pflanzliche Stoffe eingesetzt werden, wenn sie frei von gentechnisch verändertem Material sind. Die Gärreste aus solchen Biogasanlagen sind als Düngemittel zugelassen.

Nur die Düngermenge aus Wirtschaftsdüngern ist begrenzt, auf jährlich 170 Kilogramm Stickstoff pro Hektar. Die Gesamtdüngermenge ist nicht begrenzt.

Eine maximal zulässige Menge aus betriebsfremden organischen Düngern ist nicht vorgegeben.

Erlaubt sind     

• Gülle, Jauche und Mist aus konventioneller Tierhaltung, wenn diese nicht aus industrieller Tierhaltung (mehr als 2,5 Großvieheinheiten pro Hektar, Schweine überwiegend auf Spalten, Geflügel in Käfigen) stammen    
• Gärreste aus rein konventionellen Biogasanlagen    
• Blut-, Fleisch- und Knochenmehle    
• gütegesicherte Grüngutkomposte sowie Komposte aus Haushaltsabfällen (Biotonne), insofern vorgegebene Schadstoffgehalte nicht überschritten werden 

Verboten sind     

• chemisch-synthetischen Stickstoffdünger, Harnstoff und Chilesalpeter    
• Klärschlamm und Müllkomposte

Die Verwendung von leicht löslichen Phosphaten ist untersagt. Schwerlösliche Mineral- und Spurenelementdünger (nach Anhang I, EU-Öko-Verordnung) dürfen verwendet werden.

Wenn zertifiziertes Saat- und Pflanzgut geeigneter Sorten aus ökologischer Vermehrung zur Verfügung steht, muss dieses verwendet werden. Andere Herkünfte bedürfen einer Ausnahmegenehmigung.     

Die Verwendung von Hybridsaatgut sowie CMS-Hybriden ist erlaubt.    

Die Beizung von Saatgut mit chemisch-synthetischen Mitteln ist grundsätzlich verboten.

Zum Erzielen gesunder Pflanzenbestände stehen vorbeugende Maßnahmen, wie eine angepasste Fruchtfolge, die Bodenbearbeitung, die Humuswirtschaft und Düngung, die Wahl geeigneter Bestandsdichten sowie die Auswahl gesunden und widerstandsfähigen Pflanz- und Saatgutes eindeutig im Vordergrund.     

• Die Verwendung von synthetischen Pestiziden und Wachstumsregulatoren ist untersagt. 
• Spezielle Bekämpfungsmaßnahmen dürfen nur mit Mitteln durchgeführt werden, die in der EU-Öko-Verordnung aufgeführt sind.

Kupfer darf bis zu einer Menge von sechs Kilogramm pro Hektar und Jahr eingesetzt werden.

Die Verwendung von Herbiziden ist untersagt. Die Regulierung der Beikräuter erfolgt durch vorbeugende Maßnahmen (zum Beispiel Fruchtfolge, Bodenbearbeitung, Sortenwahl), mechanische Maßnahmen (zum Beispiel Eggen, Striegeln, Hacken) und thermische Maßnahmen (zum Beispiel Abflammen).

Eine Positivliste mit zulässigen Mitteln für Maschinen, Geräte und Anlagen im Pflanzenbau gibt es nicht.