Brot wird ganz oder teilweise aus Getreide oder Getreideerzeugnissen, meist mit Wasser, Salz und Lockerungsmitteln wie Backhefe und Sauerteig hergestellt. Weitere Zutaten können sein: Fett, Zucker, Milcherzeugnisse, Kartoffelerzeugnisse, Gewürze, Leguminosenerzeugnisse, Trockenfrüchte, Nüsse, Ölsamen und Backmittel. Der Gehalt an Fett und/oder Zucker beträgt weniger als zehn Teile auf 90 Teile Getreideerzeugnisse. Auf den Einsatz vieler üblicher Backmittel wird bei Bio-Ware verzichtet, dazu zählen unter anderem Emulgatoren, Verdickungsmittel, Teigsäuerungsmittel, der Konservierungsstoff Sorbinsäure und oft auch isolierte Enzyme. Zu den Kleingebäcken zählen Brötchen sowie verfeinerte und besonders ausgeformte Gebäcke wie Brezeln und Hörnchen. Kleingebäck enthält die gleichen Zutaten wie Brot, unterscheidet sich aber durch Größe, Form und Gewicht.
Die Art der Teiglockerung ist in erster Linie abhängig von der Art des eingesetzten Getreides, aber auch von der Teigführung. Weizenteige lassen sich durch Zugabe von Backhefe lockern, Roggenteige benötigen dagegen eine Säuerung, um backfähig zu werden. Dafür setzen Biobäckereien Sauerteig ein, der aus Mehl, Wasser und Bakterien entsteht. Säuerungsmittel wie Milchsäure, Zitronensäure und Essigsäure, die unter anderem eine schnellere Teigführung ermöglichen, werden meist nicht verwendet. Die Öko-Anbauverbände verbieten diese Säuerungsmittel generell, ebenso wie isolierte Enzyme. Beim Einsatz von Hefe wird - wenn möglich - mit Bio-Hefe gearbeitet. Darüber hinaus wird häufig Backferment verwendet. Dabei handelt es sich um ein Teiglockerungsmittel auf der Basis von Getreide, Leguminosenmehl und Honig, das für Weizenbrote und Roggenbrote verwendet werden kann.
Feine Backwaren
Feine Backwarenunterscheiden sich von Brot und Kleingebäck dadurch, dass sie mehr als zehn Teile Fett beziehungsweise Zucker auf 90 Teile Getreideerzeugnisse enthalten. Man teilt sie nach der Haltbarkeit in Feinbackwaren (Hefekuchen und Rührkuchen, Plunder, Blätterteiggebäck et cetera) und Dauerbackwaren ein (Kekse, Kräcker, Zwieback, Biskuit et cetera). Wie bei Brot und Kleingebäck stammt das Getreide für Bio-Backwaren immer aus kontrolliert biologischem Anbau. Auch für alle übrigen Zutaten wird Bioware verwendet, dabei gibt es nur einige Ausnahmen, die sich auf Produkte beziehen, die nicht in ausreichender Menge in Öko-Qualität zu beschaffen sind. Eine entsprechende Liste ist in den EU-Rechtsvorschriften für den ökologischen Landbau enthalten. Auf weißen Zucker wird bei der Herstellung oftmals verzichtet, auch wenn es vom Gesetzgeber dazu keine Vorschriften gibt. Als Süßungsmittel werden stattdessen häufig Honig, Zuckerrübensirup, Fruchtdicksäfte, getrockneter Vollrohrzuckersaft und Ahornsirup eingesetzt. In der Regel verwenden Bio-Bäckereien frische Vollmilch und Milchprodukte und schlägt Eier bei der Zubereitung frisch auf. An Fetten werden meistens Butter, kaltgepresste Öle und eingeschränkt auch ungehärtete Margarine verbacken. Bio-Kuchen zeichnet sich gegenüber konventionellem Kuchen in der Regel durch einen höheren Ballaststoffgehalt, Vitamingehalt und Mineralstoffgehalt sowie eine geringere Süße aus.