Die Zucht beziehungsweise der Anbau von Algen hört sich erstmal durchweg positiv an. Im Gegensatz zur tierischen Aquakultur muss in der Regel nicht "gefüttert" beziehungsweise gedüngt werden, da die Algen in den Nährstoffreichen Küstengebieten angebaut werden. Die Anlagen können zum Beispiel Fischen als Rückzugsort und Kinderstube dienen. Durch das schnelle Wachstum (vom Setzling bis zur Erntereifen Alge sind es je nach Algenart circa sechs Monate) nehmen die Algen in kurzer Zeit eine Menge CO2 und Nährstoffe aus der Umwelt auf. Sie dienen sozusagen als natürliche Filteranlagen.
Dennoch gibt es auch Schattenseiten. Im wahrsten Sinne des Wortes entsteht eine Schattierung des Meeresgrundes unterhalb der Anlage. Die Kinderstube für Meerestiere ist durch die kurze Anbauperiode begrenzt, da die komplette Anlage nach ein paar Monaten abgeerntet wird. Das Gleiche gilt für die CO2 Aufnahme. CO2 wird bei dem Wachstum der Algen gebunden aber durch die Ernte (Betrieb von Ernteschiffen, Transport, Verarbeitung, etc.) entsteht wieder CO2. Hier kommt es auf die Effizienz und Nachhaltigkeit des Betriebes an. In der neuen EU-Öko-Verordnung wird ein Nachhaltigkeitsplan für den Betrieb gefordert, der jährlich zu aktualisieren ist, um die Umwelteinflüsse der Anlage zu begrenzen (Teil III, Abschnitt 1.5/1.6).
In Asien (Zum Beispiel China, Japan, Indonesien) werden Algen schon seit Jahrzehnten im großen Stil angebaut und hier lassen sich auch gut die Auswirkungen von großen Algenkulturen beobachten. Zu dichter Besatz führt zu Nähstoffarmut in den umgebenen Gewässern und zu einem erhöhten Risiko von Krankheitserregern. Daher muss eine nachhaltige Entwicklung der Algenzuchten in Europa und weltweit vorangetrieben werden, nur so kann die positive Bilanz der Algenzucht erhalten bleiben.
Laut der EU-Öko-Verordnung (Teil III, Absatz 1.1) müssen Standorte so gewählt werden, dass sie nicht durch Schadstoffe oder andere im ökologischen Landbau verbotene Stoffe kontaminiert sind. Ökologische und konventionelle Produktionseinheiten dürfen nur bei Einhalten eines Mindestabstandes nebeneinandergehalten werden, um eine mögliche Durchmischung zu verhindern.
Zudem muss der Standort so gewählt werden, dass eine Zerstörung von Mangrovenbeständen auszuschließen ist.
