Ökologische Tierhaltung wird flächengebunden betrieben, das heißt je nach bewirtschafteter Fläche des Hofes darf nur eine bestimmte Zahl von Tieren gehalten werden, so dass Pflanzenbau und Tierhaltung sich ergänzen. Ein Ziel der Kopplung von Pflanzenbau und Tierhaltung ist es, die Fruchtbarkeit der Böden zu erhalten und zu verbessern, und somit zu einer nachhaltigen Landwirtschaft beizutragen.
Jungtiere für die Mast stammen aus der eigenen Nachzucht oder von anderen ökologisch wirtschaftenden Betrieben. Nur in einigen Ausnahmefällen darf von dieser Regelung abgewichen werden. Die Tiere müssen im Grundsatz mit ökologisch erzeugten Futtermitteln gefüttert werden. Nur einige konventionelle Futtermittel, die in einer Positivliste den EU-Rechtsvorschriften für den ökologischen Landbau genau festgelegt sind, dürfen eingesetzt werden, wenn eine ausschließliche Versorgung mit Öko-Futtermitteln nicht möglich ist. Kälber, Ferkel und Lämmer werden mit natürlicher Milch ernährt, vorzugsweise mit der Milch der Muttertiere.
Krankheiten vorbeugen und mit Naturheilverfahren behandeln
Die Krankheitsvorsorge beruht hauptsächlich auf vorbeugenden Maßnahmen, wie der Wahl geeigneter Rassen, tiergerechter Haltung, Verfütterung hochwertiger Futtermittel und einer angemessenen Besatzdichte.
Für die Behandlung von Krankheiten stehen Naturheilverfahren im Vordergrund, die phytotherapeutische (aus Pflanzen gewonnene) und homöopathische Mittel den chemisch-synthetischen allopathischen Tierarzneien und Antibiotika vorziehen. Die Verabreichung allopathischer Tierarzneimittel oder Antibiotika zur vorbeugenden Therapie und Leistungssteigerung ist verboten.
Wachstumsfördernde oder leistungsfördernde Stoffe und Hormone zur Kontrolle der Fortpflanzung sind ebenfalls nicht erlaubt. Die Anwendung von Tierarzneimitteln ist vom Betrieb zu dokumentieren und der Kontrollstelle offen zu legen. Die mehrfache Wiederholung einer allopathischen Behandlung bei einem Tier innerhalb eines Jahres führt zum Ausschluss aus der Öko-Vermarktung.
Artgerechte Unterbringung
Im Stall muss eine artgerechte Unterbringung gewährleistet sein, das bedeutet zunächst, dass die Tiere genügend Platz haben und in ihrem artgemäßen Bewegungsverhalten nicht dauerhaft, wie zum Beispiel durch Anbindung, eingeschränkt werden. Übergangsweise gibt es Ausnahmen für bestimmte Betriebe. Bei Säugetieren muss mindestens die Hälfte des Bodens in den Ställen aus einer geschlossenen Fläche bestehen, es dürfen also keine Betonspalten, Gitterböden oder andere perforierten Oberflächen sein. Dadurch wird ausreichender Komfort und Wohlbefinden gewährleistet. Jedes Tier bekommt einen bequemen trockenen und sauberen, eingestreuten Liegebereich und Ruhebereich. Allen Tieren ist Weidezugang bzw. Freigeländezugang oder Auslauf zu gewähren.
Geflügel darf nicht in Käfigen gehalten werden. Mindestens ein Drittel der Bodenfläche in Geflügelställen muss befestigt und eingestreut sein. Für Geflügelställe sind maximale Tierzahlen je Stall und Betriebseinheit festgelegt. Geflügel muss stets Zugang zu Auslaufflächen haben, sofern es die klimatischen Bedingungen erlauben. Für Wassergeflügel muss es zusätzlich eine Bademöglichkeit geben.