Ein weiteres wichtiges Kriterium der ökologischen Aquakultur sind die artspezifischen Besatzdichten. Diese legen fest, wie viele Fische pro Kubikmeter Wasser, bezogen auf die jeweilige Art, gehalten werden dürfen.
Die Angaben hierzu finden sich separat im Anhang XIIIa der Durchführungsverordnung 889/2008. Dieser Anhang regelt, dass beispielsweise für Salmoniden in Süßwasser eine maximale Besatzdichte bei Bach- und Regenbogenforellen von 25 kg/m3 und bei Lachs und Seesaibling von 20 kg/m3 gilt. Bei allen anderen als den genannten Salmoniden sind nur 15 kg/m3 zulässig.
Bei der Produktion von Salmoniden im Meer gilt für Lachs, Forelle und Regenbogenforelle eine maximale Besatzdichte in Netzgehegen von 10 kg/m3. Die maximale Besatzdichte bei der Produktion von Karpfen und anderen vergesellschafteten Arten in Polykultur einschließlich Hecht, Wels, Barsch etc. in Binnengewässern ist auf 1.500 kg Fisch pro Hektar und Jahr begrenzt. Besatzdichten und weitere Details dazu finden sich in tabellarischer Form in Anhang XIIIa der Durchführungsverordnung 889/2008.
Regelmäßige Überwachung
Da sich die Besatzdichte auf das Wohlbefinden der Tiere auswirkt, müssen der Zustand der Fische (Flossen- oder andere Verletzungen, Wachstumsraten, Verhalten und allgemeiner Gesundheitszustand) und die Wasserqualität regelmäßig überwacht werden. Die Konstruktion, Standort und Betrieb der Fischzuchtanlagen sind so zu konzipieren, dass das Risiko eines Entweichens der Tiere minimiert wird. Wenn Fische oder Krebstiere dennoch entweichen, sind angemessene Maßnahmen zu ergreifen, gegebenenfalls einschließlich Wiedereinfang, um nachteilige Auswirkungen auf das Ökosystem zu vermindern. Über entsprechende Vorgänge ist Buch zu führen.