Die ökologische Aquakultur ist ein recht junges Segment der Biobranche. Ihre Entwicklung begann Anfang der 90er Jahre zunächst auf der Basis von privaten Richtlinien einiger Anbauverbände wie Naturland (Deutschland) oder Soil Association (Großbritannien). Sie basiert auf den Prinzipien der extensiven Tierzucht und implementiert Umweltschutz, Tiergerechtigkeit und Sozialkriterien. Dabei wird die Wirtschaftlichkeit jedoch nicht außer Acht gelassen. Einige EU-Staaten wie Frankreich, Dänemark und Irland führten im Laufe der Jahre eine nationale Gesetzgebung zur ökologischen Aquakultur ein.
Mittlerweile gibt es in Europa etwa 20 verschiedene Standards zur ökologischen Aquakultur, die sich allerdings zum Teil erheblich hinsichtlich Strenge sowie Qualität der resultierenden Produkte unterscheiden. Die seit Januar 2009 geltende Neufassung der EG-Rechtsvorschriften zum ökologischen Landbau hat die Grundlage für EU-weite einheitliche und verbindliche Richtlinien zur Ökoaquakultur gelegt: Die Aquakultur fällt in den Geltungsbereich der EG-Öko-Basisverordnung 834/2007. Die Durchführungsbestimmungen zur Ökoaquakultur sind mit der Kommissionsverordnung 710/2009 am 5. August 2009 verabschiedet worden und mittlerweile als Kapitel zur Ökoaquakultur in die Durchführungsverordnung (889/2008) integriert.
Die Aquakulturvorschriften in der Durchführungsverordnung schließen neben Fisch auch die Produktion von Muscheln, Schnecken- und Krebstieren sowie Stachelhäutern ein. Damit gibt es auch Vorgaben für Aquakulturarten, die in der Ökoaquakultur in Europa bislang nicht von Bedeutung sind, wie beispielweise Shrimps oder Pangasius. Die Produktion dieser Erzeugnisse für den Export ist eine wichtige Einkommensquelle für die Betriebe in Entwicklungs- oder Schwellenländern. In Europa sind es vor allem Tiere wie Lachs, Forelle, Karpfen etc. aber auch Austern, die in der Ökoaquakultur eine größere Bedeutung haben.
Forschungsbedarf in der Ökofischzucht
Eines der wichtigsten Forschungsfelder für die Ökoaquakultur ist die Suche nach Alternativen zu chemischen Anti-Parasitika. Ein weiteres Forschungsthema ist das Fischwohl beziehungsweise die tiergerechte Haltung der Fische. So herrscht unter den Experten Uneinigkeit bei der Frage, wie dicht Fische in künstlichen Gewässern oder Gehegen gehalten werden können, ohne die Ansprüche an Artgerechtigkeit zu verletzen.
Außerdem ist unklar, wie wichtig für Fische eine natürliche oder naturnahe Umgebung ist und ob beispielsweise geschlossene Kreislaufanlagen ökologisch zertifizierbar sind. Die Mehrzahl der aktuellen Richtlinien sowie die Rechtsvorschriften zum ökologischen Landbau verbieten eine Ökozertifizierung von Fisch aus derartigen Anlagen.
Weiterhin mangelt es nach wie vor an weltweit erfassten Daten zur Produktion und Wirtschaftlichkeit ökozertifizierter Betriebe, sowie zu den Faktoren, die diese Wirtschaftlichkeit beeinflussen.