Mit dem Bio-Siegel dürfen die in den Anwendungsbereich der EU-Rechtsvorschriften für den ökologischen Landbau (siehe Verordnung (EU) 2018/848 und Durchführungsvorschriften) fallenden Lebensmittel und Futtermittel gekennzeichnet werden.
Außerdem können eng mit der Landwirtschaft verbundene Erzeugnisse, die in Anhang I der Verordnung (EU) 2018/848 aufgeführt sind, mit dem Bio-Siegel gekennzeichnet werden. Grundsätzlich müssen alle landwirtschaftlichen Zutaten der verarbeiteten Erzeugnisse bei Lebensmitteln aus dem ökologischen Landbau stammen; für bis zu 5 Prozent des gesamten Erzeugnisses sind streng geregelte Ausnahmen möglich. Die Verwendung von konventionellen Zutaten landwirtschaftlichen Ursprungs ist im Anhang V Teil B der Verordnung (EU) 2021/1165 geregelt. Darüberhinausgehend kann eine konventionelle landwirtschaftliche Zutat von einem Mitgliedstaat der EU auf Antrag vorübergehend zugelassen werden. Für Futtermittel gelten tierartspezifische Vorschriften.
Produkte der Aquakultur (zum Beispiel Fisch aus Teichwirtschaft oder Algen) können seit dem 1. Juli 2010 mit dem Bio-Siegel gekennzeichnet werden.
Erzeugnisse der Jagd und der Fischerei wildlebender Tiere gelten nicht als aus ökologischer Produktion stammend. Sie können daher nicht mit dem Bio-Siegel gekennzeichnet werden. Dies gilt auch für die von den EU-Rechtsvorschriften für den ökologischen Landbau nicht erfassten Arzneimittel und Kosmetika.
Agrarerzeugnisse, die im Rahmen der Umstellungsphase eines Betriebes auf die ökologische Landwirtschaft hergestellt wurden, dürfen ebenfalls nicht mit dem Bio-Siegel gekennzeichnet werden.
Mit Vitaminen oder Mineralstoffen angereicherte Lebensmittel dürfen nur insoweit mit dem Bio-Siegel gekennzeichnet werden, als die Verwendung von Vitaminen oder Mineralstoffen gesetzlich vorgeschrieben ist. Dies ist beispielsweise bei Säuglingsnahrung oder auch bei Sondennahrung gegeben.