In der ökologischen Aquakultur werden neben reinen Pflanzenfressern auch karnivore Arten gehalten, die andere Fische oder Meerestiere zu ihrer Nahrungsgrundlage zählen. Die Fütterung in der ökologischen Aquakultur steht dabei vor einer doppelten Herausforderung: Zum einen gilt der Einsatz von Fischmehl bzw. -öl derzeit als unverzichtbar bei der Ernährung karnivorer Kulturfische, zudem muss eine artgerechte Fütterung von Raubfischen tierische Bestandteile beinhalten. Der Anteil pflanzlicher Erzeugnisse am Futter karnivorer Fische ist in der ökologischen Aquakultur daher auf maximal 60 Prozent begrenzt.
Andererseits ist aus Gründen der Ressourcenschonung ein sparsamer Umgang mit Fischmehl angezeigt - Fischmehle aus ökologischer Aquakultur oder Verarbeitungsüberreste aus nachhaltiger Fischerei sind nur begrenzt verfügbar und zudem kostspielig. Sinkende Fischpopulationen in den Weltmeeren machen eine sparsame Verwendung dieses tierischen Futtermittels ohnehin zur Pflicht. Eine ausgewogene Zusammensetzung von Futtermitteln ist daher gefragt.
Wissenschaftler des Forschungsinstituts für biologischen Landbau in Frick, Schweiz, und der Christian-Albrechts-Universität zu Kiel, untersuchten unabhängig voneinander die Möglichkeit, mit Proteinen aus Insektenlarven einen Teil des Fischmehls zu ersetzen. In der Diät für Regenbogenforellen wurden bei einer Substitution von 45 Prozent des Fischmehls durch ein Mehl aus Larven der Black Soldier Fly (Hermetia illucens) keine signifikanten Unterschiede beim Wachstum und in der Produktqualität festgestellt. Beim Heilbutt (Psetta maxima) wurden bereits bei einem Fischmehlersatz mit Hermetiamehl von über 33 Prozent negative Auswirkungen beobachtet.
Im Rahmen des Bundesprogramms Ökologischer Landbau und andere Formen nachhaltiger Landwirtschaft (BÖLN) haben Wissenschaftler die ökologische Aufzucht von Raubfischen unter verschiedenen Futterregimes getestet. Ihr Fazit: Gut die Hälfte des Fischmehls lässt sich durch Getreideprodukte ersetzen ohne Leistung, Gesundheit oder Qualität zu beeinträchtigen.