Larvenfraß findet sich an den unterirdischen Pflanzenteilen. Die Pflanzen welken und die Herzblätter können heraus gezogen werden. Das Laub verfärbt sich gelblich und stirbt ab. Fraßgänge sind übelriechend. Es kommt zu Fäulnis. Besonders junge Pflanzen werden befallen.
Die Larven sind typische, kopf- und beinlose Fliegenmaden die bis zu einen Zentimeter Länge erreichen können. Die Puppen sind rotbraun und etwa sechs Millimeter lang und sind im Boden zu finden.
Die ausgewachsenen Fliegen sind 6-7 Millimeter lang und ähneln Stubenfliegen. Sie sind hellgrau mit gelblichen oder olivgrünen Tönen, roten Augen, dunkler Behaarung und dunkleren Beinen. Das Schildchen (Scutellum) zwischen den Flügelansätzen ist gelblich.
Die Zwiebelfliege befällt Zwiebelgewächse wie Zwiebel, Porree, Schnittlauch und Knoblauch. An Zwiebeln und Porree ist besonders ein Befall junger Pflanzen und Sekundärschäden durch Pilze in den Fraßgängen schädlich. An Schnittlauch kann starker Befall zu Totalausfall führen.
Die Überwinterung erfolgt als Puppe, selten als Larve im Erdboden. Die erste und gefährlichste Generation tritt ab Mitte April bis Ende Mai auf. Die Eier reifen über mehrere Wochen im Weibchen heran und werden dann in kleinen Gruppen in den Boden an junge Zwiebel- und Porreepflanzen abgelegt. Die geschlüpften Larven fressen sich vom Boden aus in die Schäfte ein. Nach etwa drei Wochen verlassen sie die Pflanzen und verpuppen sich im Erdboden. Diese Puppen können bei trocken-heißem Sommerwetter sowie im Winter eine Entwicklungspause einlegen. Etwa Ende Juni/Mitte Juli erscheint die zweite Generation, gelegentlich erscheint noch eine dritte Generation die sich mit der Zweiten überlappt. Die adulten Fliegen werden mehrere Monate alt.
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