Bei der Produktion steht es dem Unternehmen frei, ob es die Bioproduktion in einem getrennten Gebäudeteil und/oder auf getrennten Anlagen vornimmt oder ob es die Anlagen und Räumlichkeiten nutzt, die auch für die konventionelle Produktion verwendet werden.
Im letzteren Fall spricht man von einer zeitlichen Trennung. Hier muss das Unternehmen sicherstellen, dass die Anlagen vor der Bioproduktion sauber gereinigt sind und es zu keiner unbeabsichtigten Vermischung von Bio-Waren mit konventioneller Ware kommen kann.
Pragmatischerweise werden die Produktionspläne derart gestaltet, dass die Bioproduktion vor der konventionellen Produktion auf den gereinigten Anlagen erfolgt oder dass es feste Wochentage für die Bioproduktion gibt, an denen ausschließlich Bio-Ware verarbeitet wird.
Halbfabrikate müssen eindeutig gekennzeichnet sein, damit ebenfalls ein versehentliches Vertauschen ausgeschlossen werden kann. Viele Unternehmen arbeiten hier mit anders farbigen Behältern oder anders farbigen Etiketten oder auch anderen Formen von Behältern.
Die Produktions- und Reinigungsdokumentation wird während der Bio-Kontrolle geprüft.