Die EU-Öko-Verordnung 2018/848 gibt in Artikel 11 vor: Die Verwendung von gentechnisch veränderten Organismen (GVO) und deren Derivaten ist in allen Stufen der Produktion, Verarbeitung und Herstellung von Bio-Produkten strikt verboten. Für die Verarbeitung von Bio-Produkten bedeutet dies, dass keine Zutaten, Verarbeitungshilfsstoffe, Aromen oder sonstige Zusatzstoffe verwendet werden dürfen, die GVO enthalten, aus GVO hergestellt oder durch GVO erzeugt wurden, und dies muss durch geeignete Kontrollmaßnahmen und Dokumente nachgewiesen werden.
Bei zusammengesetzten Produkten (Formulierungen) muss jede Komponente (Zutat, Trägerstoff, Formulierungshilfsstoff, etc.) den Anforderungen nach Freiheit von GVO und aus und durch GVO hergestellten Erzeugnissen genügen. Wenn beispielsweise Nährmedien ein Bestandteil eines zusammengesetzten Produktes sind, müssen alle Komponenten ebenfalls berücksichtigt sein. Dies gilt zum Beispiel bei Flüssigkulturen, welche im Nährmedium verkauft werden.
Das bedeutet, dass alle Zusatzstoffe, Enzyme, aber auch Futtermittelzutaten, die mit Hilfe von gentechnisch veränderten Mikroorganismen hergestellt werden, grundsätzlich verboten sind. Die Durchführungsbestimmungen listen die erlaubten konventionellen Betriebsmittel, Zutaten und technischen Hilfsstoffe auf.
Nach der EU-Öko-Verordnung (Artikel 5f iii) ist die Verwendung von Tierarzneimitteln (beispielsweise Impfstoffe) ausdrücklich vom Verbot von GVO und von aus oder durch GVO hergestellten Erzeugnissen in Bio-Produkten ausgenommen.