Die Haltungsbedingungen im Stall und auf der Weide sowie die Fütterung müssen stimmen, damit die Schafe gesund bleiben. Regelmäßige Gesundheitschecks, gute Haltungsbedingungen mit ausreichen Auslauf, einer angepassten Besatzdichte und einer ausgewogenen, artgerechten Ernährung sind entscheidend, um Krankheiten vorzubeugen.
Zur Gesunderhaltung kommt die Behandlung von Krankheiten und beispielsweise das Ablamm-Management hinzu. Die Verwendung von immunologisch wirksamen Arzneimitteln (zum Beispiel Impfstoffen) ist erlaubt. Verboten sind hingegen:
- Prophylaktischer Einsatz chemisch-synthetischer Arzneimittel, einschließlich Antibiotika.
- Vorbeugende medikamentöse Behandlungen, mit Ausnahme von Impfungen.
- Leistungs- und wachstumsfördernde Mittel, wie Antibiotika, Kokzidiostatika oder Hormone (zum Beispiel zur Brunstsynchronisation).
Wird ein Tier mehr als dreimal jährlich (bei Lebenszyklen weniger als ein Jahr: mehr als einmal) mit chemisch-synthetischen Medikamenten behandelt, muss eine entsprechende Wartezeit eingehalten werden, bevor Produkte des Tieres wieder biologisch vermarktet werden können. Impfungen und Parasitenbehandlungen zählen dabei nicht mit.
Die Bekämpfung von Parasiten, insbesondere von Innen- und Außenschädlingen wie Magen-Darm-Würmern und Fliegen, ist eine besondere Herausforderung. In der ökologischen Schafhaltung ist die Verwendung von chemischen Entwurmungsmitteln nur eingeschränkt möglich. Stattdessen kommen natürliche Methoden wie Weidewechsel, pflanzlichen Präparaten und eine gezielte Fütterung zur Unterstützung der natürlichen Abwehrkräfte zum Einsatz.
Beim Tierwohl geht es neben der Tiergesundheit auch um das allgemeine Wohlbefinden der Schafe: Sie sollen ihren natürlichen Bedürfnissen und Verhaltensweisen nachgehen können. Für die Sicherstellung des Tierwohls können verschiedene Indikatoren erfasst werden, beispielsweise der Gesundheitszustand einzelner Tiere oder das Ruheverhalten der Schafsherde.
In der ökologischen Schafhaltung werden Eingriffe am Tier auf ein Minimum reduziert und nur dann durchgeführt, wenn sie aus gesundheitlichen oder tierärztlichen Gründen zwingend erforderlich sind. Bewollte Tiere (Wollschafe) benötigen eine (Teil-)Schur, da sie ihre Wolle nicht von allein verlieren. Auch die Klauenpflege gehört zur regelmäßigen Tierpflege. Beides muss fachgerecht und tierschonend erfolgen.
Kastration ist erlaubt, etwa zur Verbesserung der Fleischqualität oder zur Sicherstellung traditioneller Haltungsformen. Dabei gilt: nur im jungen Alter, durch geschultes Personal und unter Verwendung von Schmerzmitteln. Das Anbringen von Gummiringen an den Schwänzen von Schafen, das Kupieren des Schwanzes und Enthornungen sind verboten. Das Enthornen ist laut Tierschutzgesetz in Deutschland nur in Ausnahmefällen mit Betäubung zulässig.