Studien zeigen, dass es sehr wichtig ist, tierbezogene Indikatoren in die Kontrolle und die rechtlichen Produktionsbestimmungen einzubeziehen. Mit diesen Indikatoren wird gemessen, wie es dem Tier tatsächlich geht.
Tierbezogene Indikatoren kommen im Ökolandbau aber bislang nur bei Verbands-Betrieben zur Anwendung, die der AG Tierwohl angehören. Dazu zählen Bioland, Biokreis, Naturland, Gäa und Ecoland. Auf diesen Betrieben wird einmal jährlich zusätzlich zur offiziellen Bio- und Verbandskontrolle eine Tierwohlkontrolle durchgeführt. Bei Demeter findet eine ähnliche Tierwohlkontrolle stichprobenartig statt.
Bei der Tierwohlkontrolle der AG Tierwohl werden die Bereiche Ernährungszustand, Pflegezustand, Tiergesundheit und Freiheit von Verletzungen und Technopathien (haltungsbedingte Schäden durch mangelhafte oder nicht passende Stalleinrichtung), Zustand von Haltungsumwelt und Fütterung, Tierverluste und Schlachtbefunde überprüft.
Für jeden dieser Bereiche sind spezielle Prüfkriterien definiert, die im "Leitfaden zur Tierwohl-Kontrolle 2025" genauer beschrieben werden. Für jedes Kriterium gibt es Grenzwerte für geringe, deutliche und schwerwiegende Überschreitungen. Zudem wird bei der Auswertung unterschieden, ob Verstöße wiederholt auftreten oder mehrere Bereiche betreffen.
Sind auf einzelnen Betrieben Verbesserungen nötig, gibt es dafür Handlungsempfehlungen wie Beratung, Maßnahmenpläne und Nachkontrollen. Kommt es auf Dauer nicht zu den notwendigen Verbesserungen, sind Sanktionen – bis hin zur Kündigung des Betriebs – die Folge.