Um Bio-Fleischwaren verkaufen zu können, muss nicht das gesamte Sortiment auf ökologische Qualität umgestellt werden. Viele Metzgereien steigen zunächst mit einem Teilsortiment ein. In der Umsetzung ist dann darauf zu achten, dass die Trennungspraxis zwischen ökologischer und konventioneller Produktion eingehalten und ein gutes Vorsorgekonzept implementiert wird.
Darüber hinaus beschäftigen sich Bio-Metzgereien mit weiteren Sonderthemen. Da der Tierschutz für viele Verbraucherinnen und Verbraucher der Hauptkaufgrund für Bio-Fleischwaren ist, stellt sich zum Beispiel die Frage nach der Verarbeitung von Bio-Bruderhähnen, die durch die zunehmende Etablierung von Zweinutzungsrassen in der Geflügelhaltung entstehen.
Ein nicht zu vernachlässigender Trend ist inzwischen auch der Fleischverzicht. Immer mehr Menschen entscheiden sich bewusst für weniger oder gar kein Fleisch – sei es aus Umwelt-, Gesundheits- oder ethischen Gründen. In diesem Zusammenhang gewinnen Alternativprodukte immer mehr an Bedeutung. Auch für das Fleischhandwerk kann dieser Trend eine Chance darstellen. Entweder durch die Herstellung veganer Alternativen , denn viele Maschinen und Geräte aus dem Metzgereibetrieb lassen sich auch für diesen Herstellungprozess verwenden. Oder indem Bio-Wurstwaren beispielsweise ein bestimmter Anteil an Gemüse beigemischt wird. Bezeichnet werden diese Kreationen als "Half-Compound-Produkte" oder "Hybridprodukte".
